El artículo 103 de la Ley de los derechos de las niñas, niños y adolescentes del Estado de Morelos, establece que Para el mejor cumplimiento de sus funciones, el Sistema de Protección Integral de Niñas, Niños y Adolescentes del estado de Morelos podrá constituir comisiones encargadas de atender asuntos o materias específicas y emitirá los lineamientos para su integración, organización y funcionamiento.
Actualmente se encuentran creadas por acuerdo del Sistema de Protección Integral de Niñas, Niños y Adolescentes del estado de Morelos, las siguientes Comisiones:
Comisión de Secretaría Ejecutivas de los Sistemas Municipales
Comisión para el Seguimiento de las Recomendaciones del Comité de los Derechos del Niño de las Naciones Unidas
Comisión Estatal para Poner Fin a Toda Forma de Violencia contra Niñas, Niños y Adolescentes
Comisión Estatal del Sistema de Información de Niñas, Niños y Adolescentes